Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 TUBB8P6-201ENST00000436895 1288 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD4P09016 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms