Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC33.81■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 GCSHP2-201ENST00000560971 527 ntBASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.8■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC33.79■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC33.76■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC33.76■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC33.76■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 GAL3ST1-206ENST00000406955 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
CCDC88BA6NC98 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC33.76■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 DRAP1-205ENST00000527119 581 ntTSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 PIGQ-204ENST00000409527 1915 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC33.74■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 GPR137-204ENST00000438980 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
CCDC88BA6NC98 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.72■■■□□ 2.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms