Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.74
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 MAP2K2-202ENST00000394867 1471 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CCDC9Q9Y3X0 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 108.9 ms