Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 FAM212B-203ENST00000444059 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AC004980.1-204ENST00000429707 299 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 WIPF1-203ENST00000392546 2180 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP3Q9Y3E7 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms