Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 OGG1-204ENST00000339511 1815 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NUP88Q99567 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 FUZ-201ENST00000313777 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NUP88Q99567 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms