Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 KRT8P11-201ENST00000409686 1436 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN9AQ15858 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 BCL2L12-208ENST00000600947 633 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 KCNMA1-220ENST00000481070 896 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN9AQ15858 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
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