Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SDC1P18827 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SDC1P18827 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SDC1P18827 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SDC1P18827 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SDC1P18827 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SDC1P18827 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SDC1P18827 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SDC1P18827 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SDC1P18827 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SDC1P18827 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SDC1P18827 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 GDAP1L1-202ENST00000372952 722 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
SDC1P18827 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms