Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD4P09016 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms