Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPHP1O15259 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 ACTR3B-203ENST00000397282 1692 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPHP1O15259 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms