Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 CACNA1A-247ENST00000637769 8648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
VPS39Q96JC1 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
VPS39Q96JC1 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms