Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CCT5-214ENST00000515676 1997 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
RPUSD4Q96CM3 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms