Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 DBNL-210ENST00000448521 1808 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms