Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.77■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC34.76■■■■□ 3.16
CCDC9Q9Y3X0 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.76■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC34.73■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC34.72■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC34.7■■■■□ 3.15
CCDC9Q9Y3X0 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CCDC9Q9Y3X0 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC34.59■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC34.58■■■■□ 3.13
CCDC9Q9Y3X0 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC34.57■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC34.56■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC34.56■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC34.56■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.55■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC34.54■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC34.54■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC34.54■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC34.52■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
CCDC9Q9Y3X0 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC34.49■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC34.49■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC34.49■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC34.49■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.47■■■■□ 3.11
CCDC9Q9Y3X0 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC34.45■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC34.44■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms