Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SCN2AQ99250 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
SCN2AQ99250 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN2AQ99250 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN2AQ99250 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms