Protein–RNA interactions for Protein: Q17RY0

CPEB4, Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 729 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPEB4Q17RY0 BTG2-202ENST00000475157 1275 ntTSL 513.78□□□□□ -0.29e-13■■■■■ 31.5
CPEB4Q17RY0 BTG2-201ENST00000290551 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.81□□□□□ -0.689e-13■■■■■ 31.5
CPEB4Q17RY0 LRP8-209ENST00000480045 3231 ntTSL 517.62■□□□□ 0.416e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.316e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.066e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.186e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 LRP8-201ENST00000306052 7648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.286e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 LRP8-203ENST00000354412 2553 ntTSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.416e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 LNPEP-201ENST00000231368 12752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.34□□□□□ -1.233e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 ABCF1-202ENST00000376545 3131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.76□□□□□ -0.854e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 ABCF1-205ENST00000475993 2860 ntTSL 1 (best)9.23□□□□□ -0.934e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 ABCF1-201ENST00000326195 3481 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.07□□□□□ -0.964e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 ABCF1-203ENST00000441867 1074 ntTSL 58.19□□□□□ -1.14e-7■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 CETN3-201ENST00000283122 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.594e-6■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 CETN3-203ENST00000522083 1026 ntTSL 2 BASIC10.85□□□□□ -0.674e-6■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 CETN3-206ENST00000522864 738 ntTSL 3 BASIC6.12□□□□□ -1.434e-6■■■■■ 30.9
CPEB4Q17RY0 FUBP1-204ENST00000421641 802 ntTSL 511.46□□□□□ -0.571e-7■■■■■ 30.8
CPEB4Q17RY0 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.12e-9■■■■■ 30.7
CPEB4Q17RY0 STAG2-215ENST00000469481 989 ntTSL 314.23□□□□□ -0.132e-11■■■■■ 30.7
CPEB4Q17RY0 STAG2-201ENST00000218089 5218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.33□□□□□ -1.242e-11■■■■■ 30.7
CPEB4Q17RY0 STAG2-202ENST00000371144 4281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.512e-11■■■■■ 30.7
CPEB4Q17RY0 STAG2-203ENST00000371145 4393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.64□□□□□ -1.672e-11■■■■■ 30.7
CPEB4Q17RY0 STAG2-205ENST00000371160 6045 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.46□□□□□ -1.72e-11■■■■■ 30.7
CPEB4Q17RY0 STAG2-204ENST00000371157 5991 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.25□□□□□ -1.732e-11■■■■■ 30.7
CPEB4Q17RY0 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.531e-8■■■■■ 30.4
CPEB4Q17RY0 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 29.9
CPEB4Q17RY0 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.332e-6■■■■■ 29.9
CPEB4Q17RY0 UAP1-202ENST00000367924 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.15□□□□□ -1.12e-6■■■■■ 29.9
CPEB4Q17RY0 UAP1-207ENST00000486089 1147 ntTSL 27.2□□□□□ -1.262e-6■■■■■ 29.9
CPEB4Q17RY0 UAP1-203ENST00000367925 2069 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC6.78□□□□□ -1.322e-6■■■■■ 29.9
CPEB4Q17RY0 IGF2BP1-201ENST00000290341 8274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.48□□□□□ -0.414e-7■■■■■ 29.7
CPEB4Q17RY0 CR1L-204ENST00000530905 930 ntTSL 519.3■□□□□ 0.684e-7■■■■■ 29.7
CPEB4Q17RY0 CR1L-203ENST00000508064 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.41□□□□□ -0.94e-7■■■■■ 29.7
CPEB4Q17RY0 CR1L-201ENST00000294997 1587 ntTSL 1 (best)6.54□□□□□ -1.364e-7■■■■■ 29.7
CPEB4Q17RY0 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 28.9
CPEB4Q17RY0 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.882e-6■■■■■ 28.7
CPEB4Q17RY0 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.68□□□□□ -0.222e-6■■■■■ 28.7
CPEB4Q17RY0 CCDC26-203ENST00000523151 1496 ntTSL 1 (best)7.4□□□□□ -1.223e-6■■■■■ 28.5
CPEB4Q17RY0 CCDC26-201ENST00000446592 1721 ntTSL 1 (best) BASIC6.79□□□□□ -1.323e-6■■■■■ 28.5
CPEB4Q17RY0 MED13-201ENST00000397786 10465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.68□□□□□ -1.664e-6■■■■■ 28.5
CPEB4Q17RY0 ECT2-202ENST00000366090 734 ntTSL 314.64□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 ECT2-207ENST00000426894 560 ntTSL 414.64□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 ECT2-205ENST00000415665 637 ntTSL 413.28□□□□□ -0.282e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 ECT2-208ENST00000428567 735 ntTSL 57.63□□□□□ -1.192e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 ECT2-206ENST00000417960 4363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.87□□□□□ -1.312e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 ECT2-201ENST00000232458 4087 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.66□□□□□ -1.342e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 ECT2-210ENST00000438041 573 ntTSL 46.13□□□□□ -1.432e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 ECT2-216ENST00000540509 4406 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.6□□□□□ -1.512e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 ECT2-211ENST00000441497 2825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC3.82□□□□□ -1.82e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 ECT2-204ENST00000392692 4158 ntTSL 1 (best) BASIC3.79□□□□□ -1.82e-6■■■■■ 28.3
CPEB4Q17RY0 FP671120.1-201ENST00000623664 2498 ntTSL 2 BASIC11.58□□□□□ -0.568e-8■■■■■ 28
CPEB4Q17RY0 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.586e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.516e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 AGAP3-209ENST00000469901 582 ntTSL 317.83■□□□□ 0.446e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.426e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.176e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 AGAP3-221ENST00000490097 604 ntTSL 413.96□□□□□ -0.176e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 AGAP3-214ENST00000476375 1019 ntTSL 512.22□□□□□ -0.456e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 AGAP3-226ENST00000622464 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.56e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 AGAP3-205ENST00000463381 2730 ntTSL 2 BASIC11.66□□□□□ -0.546e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 MTA2-202ENST00000524902 2577 ntTSL 1 (best) BASIC10.43□□□□□ -0.746e-8■■■■■ 27.7
CPEB4Q17RY0 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.054e-7■■■■■ 27.4
CPEB4Q17RY0 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.61□□□□□ -0.394e-7■■■■■ 27.4
CPEB4Q17RY0 MLLT10-202ENST00000377059 4850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.85□□□□□ -1.314e-7■■■■■ 27.4
CPEB4Q17RY0 MLLT10-217ENST00000631589 4955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.474e-7■■■■■ 27.4
CPEB4Q17RY0 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.125e-6■■■■■ 27.4
CPEB4Q17RY0 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC14.72□□□□□ -0.055e-6■■■■■ 27.4
CPEB4Q17RY0 LUC7L3-214ENST00000508482 1597 ntTSL 212.03□□□□□ -0.485e-6■■■■■ 27.4
CPEB4Q17RY0 LUC7L3-208ENST00000505658 7040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.96□□□□□ -0.985e-6■■■■■ 27.4
CPEB4Q17RY0 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.662e-8■■■■■ 27.3
CPEB4Q17RY0 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.572e-8■■■■■ 27.3
CPEB4Q17RY0 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.432e-8■■■■■ 27.3
CPEB4Q17RY0 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.352e-8■■■■■ 27.3
CPEB4Q17RY0 NR1H2-203ENST00000593532 2380 ntTSL 215.89■□□□□ 0.132e-8■■■■■ 27.3
CPEB4Q17RY0 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.41□□□□□ -0.11e-7■■■■■ 27.1
CPEB4Q17RY0 GLUL-203ENST00000339526 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 27.1
CPEB4Q17RY0 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.25□□□□□ -0.291e-7■■■■■ 27.1
CPEB4Q17RY0 GLUL-204ENST00000417584 4065 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.17□□□□□ -0.621e-7■■■■■ 27.1
CPEB4Q17RY0 GLUL-212ENST00000491322 6132 ntTSL 1 (best)8.8□□□□□ -11e-7■■■■■ 27.1
CPEB4Q17RY0 VAPA-205ENST00000578314 532 ntTSL 320.81■□□□□ 0.922e-8■■■■■ 27
CPEB4Q17RY0 VAPA-204ENST00000577901 917 ntTSL 214.51□□□□□ -0.092e-8■■■■■ 27
CPEB4Q17RY0 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.172e-8■■■■■ 27
CPEB4Q17RY0 VAPA-209ENST00000585042 567 ntTSL 413.47□□□□□ -0.252e-8■■■■■ 27
CPEB4Q17RY0 VAPA-202ENST00000400000 6815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.63□□□□□ -0.392e-8■■■■■ 27
CPEB4Q17RY0 VAPA-208ENST00000584796 654 ntTSL 34.09□□□□□ -1.752e-8■■■■■ 27
CPEB4Q17RY0 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.795e-8■■■■□ 26.6
CPEB4Q17RY0 C22orf34-202ENST00000400023 1469 ntTSL 1 (best)14.42□□□□□ -0.15e-8■■■■□ 26.6
CPEB4Q17RY0 PDCD6IP-206ENST00000457054 5962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.42□□□□□ -0.745e-14■■■■□ 26.5
CPEB4Q17RY0 PDCD6IP-201ENST00000307296 6161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.22□□□□□ -1.095e-14■■■■□ 26.5
CPEB4Q17RY0 FUBP1-201ENST00000294623 2201 ntTSL 1 (best)12.64□□□□□ -0.395e-8■■■■□ 26.5
CPEB4Q17RY0 FUBP1-203ENST00000370768 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.74□□□□□ -0.535e-8■■■■□ 26.5
CPEB4Q17RY0 FUBP1-202ENST00000370767 2524 ntTSL 5 BASIC10.79□□□□□ -0.685e-8■■■■□ 26.5
CPEB4Q17RY0 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.093e-6■■■■□ 25.9
CPEB4Q17RY0 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.051e-7■■■■□ 25.8
CPEB4Q17RY0 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.571e-7■■■■□ 25.8
CPEB4Q17RY0 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.091e-7■■■■□ 25.8
CPEB4Q17RY0 EED-204ENST00000524673 1155 ntTSL 37.67□□□□□ -1.181e-7■■■■□ 25.8
CPEB4Q17RY0 EED-208ENST00000528250 1235 ntTSL 27.04□□□□□ -1.281e-7■■■■□ 25.8
CPEB4Q17RY0 EED-203ENST00000351625 1696 ntTSL 1 (best) BASIC6.04□□□□□ -1.441e-7■■■■□ 25.8
CPEB4Q17RY0 EED-206ENST00000527888 1422 ntTSL 2 BASIC5.14□□□□□ -1.591e-7■■■■□ 25.8
Retrieved 100 of 1,751 protein–RNA pairs in 98.9 ms