Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG4P49917 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIG4P49917 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG4P49917 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG4P49917 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG4P49917 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG4P49917 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
LIG4P49917 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
LIG4P49917 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG4P49917 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG4P49917 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG4P49917 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIG4P49917 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIG4P49917 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG4P49917 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG4P49917 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIG4P49917 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG4P49917 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG4P49917 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG4P49917 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG4P49917 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG4P49917 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
LIG4P49917 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG4P49917 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG4P49917 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG4P49917 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG4P49917 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG4P49917 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
LIG4P49917 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIG4P49917 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIG4P49917 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIG4P49917 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIG4P49917 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
LIG4P49917 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
LIG4P49917 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG4P49917 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG4P49917 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG4P49917 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
LIG4P49917 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIG4P49917 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIG4P49917 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIG4P49917 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIG4P49917 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIG4P49917 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
LIG4P49917 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
LIG4P49917 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG4P49917 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG4P49917 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG4P49917 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG4P49917 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG4P49917 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
LIG4P49917 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG4P49917 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG4P49917 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG4P49917 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG4P49917 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
LIG4P49917 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
LIG4P49917 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
LIG4P49917 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
LIG4P49917 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIG4P49917 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
LIG4P49917 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG4P49917 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG4P49917 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
LIG4P49917 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIG4P49917 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
LIG4P49917 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG4P49917 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG4P49917 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG4P49917 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
LIG4P49917 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIG4P49917 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
LIG4P49917 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
LIG4P49917 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG4P49917 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG4P49917 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG4P49917 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG4P49917 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
LIG4P49917 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms