Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ANXA8L1-201ENST00000584982 2174 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 LRRC4B-202ENST00000599957 3019 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms