Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 KRT83-201ENST00000293670 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC54Q8NEL0 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
CCDC54Q8NEL0 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC17■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms