Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC16.8■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.79■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 LGALS12-203ENST00000394618 1618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
USF3Q68DE3 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
USF3Q68DE3 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms