Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS53Q5VIR6 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 KRT87P-201ENST00000529785 1700 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS53Q5VIR6 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms