Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SF3A1Q15459 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 RPUSD2-202ENST00000559271 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 KAZN-203ENST00000376030 6030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SF3A1Q15459 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.7 ms