Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.734e-16■■■■■ 33
SF3B4Q15427 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.45□□□□□ -0.14e-16■■■■■ 33
SF3B4Q15427 RPLP2-208ENST00000532004 353 ntTSL 313.97□□□□□ -0.174e-16■■■■■ 33
SF3B4Q15427 RPLP2-206ENST00000530398 313 ntTSL 310.54□□□□□ -0.724e-16■■■■■ 33
SF3B4Q15427 RPLP2-204ENST00000526222 350 ntTSL 210.3□□□□□ -0.764e-16■■■■■ 33
SF3B4Q15427 RPLP2-203ENST00000525722 489 ntTSL 210.3□□□□□ -0.764e-16■■■■■ 33
SF3B4Q15427 SRRM2-218ENST00000574331 1759 ntTSL 215.43■□□□□ 0.062e-18■■■■■ 33
SF3B4Q15427 PIGG-202ENST00000383028 2787 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.042e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 PIGG-208ENST00000504346 3019 ntTSL 2 BASIC12.62□□□□□ -0.392e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 PIGG-203ENST00000453061 3218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.12□□□□□ -0.472e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 PIGG-201ENST00000310340 3203 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.542e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 HSF4-202ENST00000517680 368 ntTSL 311.96□□□□□ -0.497e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 HSF4-219ENST00000522027 447 ntTSL 38.14□□□□□ -1.117e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 ILK-205ENST00000526114 851 ntTSL 59.62□□□□□ -0.872e-7■■■■■ 33
SF3B4Q15427 HDAC10-215ENST00000488270 715 ntTSL 317.11■□□□□ 0.334e-9■■■■■ 33
SF3B4Q15427 SGSM3-212ENST00000481408 951 ntTSL 514.94□□□□□ -0.021e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.642e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.422e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-218ENST00000544649 665 ntTSL 317.05■□□□□ 0.322e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-205ENST00000536442 1301 ntTSL 516.96■□□□□ 0.32e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-206ENST00000538586 471 ntTSL 47.09□□□□□ -1.272e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-203ENST00000535520 1626 ntTSL 25.77□□□□□ -1.492e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-216ENST00000543534 575 ntTSL 55.61□□□□□ -1.512e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-217ENST00000543809 1667 ntTSL 1 (best)5.44□□□□□ -1.542e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-221ENST00000545737 1578 ntTSL 1 (best)4.27□□□□□ -1.732e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-201ENST00000381259 2334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.13□□□□□ -1.752e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-209ENST00000539904 989 ntTSL 53.76□□□□□ -1.812e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-210ENST00000540401 1439 ntTSL 1 (best)3.69□□□□□ -1.822e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-204ENST00000536154 549 ntTSL 43.5□□□□□ -1.852e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 CCDC91-211ENST00000540794 518 ntTSL 32.86□□□□□ -1.952e-11■■■■■ 33
SF3B4Q15427 SAR1A-203ENST00000373239 468 ntTSL 312.75□□□□□ -0.374e-7■■■■■ 33
SF3B4Q15427 LSM14B-202ENST00000279069 811 ntTSL 325.3■■□□□ 1.642e-10■■■■■ 33
SF3B4Q15427 LSM14B-205ENST00000400318 1073 ntTSL 1 (best)24.01■■□□□ 1.432e-10■■■■■ 33
SF3B4Q15427 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.392e-9■■■■■ 33
SF3B4Q15427 LSM14B-203ENST00000361670 1239 ntTSL 521.09■□□□□ 0.972e-10■■■■■ 33
SF3B4Q15427 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.72e-9■■■■■ 33
SF3B4Q15427 SEC61A1-207ENST00000498837 555 ntTSL 213.39□□□□□ -0.271e-13■■■■■ 33
SF3B4Q15427 WDR59-219ENST00000569549 934 ntTSL 57.1□□□□□ -1.275e-13■■■■■ 33
SF3B4Q15427 PDXK-208ENST00000461123 637 ntTSL 314.75□□□□□ -0.058e-9■■■■■ 33
SF3B4Q15427 BLVRB-203ENST00000597870 1392 ntTSL 516.83■□□□□ 0.283e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.173e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 BLVRB-202ENST00000595483 649 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.53e-8■■■■■ 33
SF3B4Q15427 FRMD8-209ENST00000533782 677 ntTSL 521.5■■□□□ 1.032e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 FRMD8-205ENST00000526201 568 ntTSL 520.86■□□□□ 0.932e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 UBE2I-212ENST00000566159 2642 nt15.52■□□□□ 0.081e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RNF213-205ENST00000558116 3768 ntTSL 28.35□□□□□ -1.079e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 HNRNPH1-245ENST00000523137 1563 ntTSL 416.77■□□□□ 0.289e-15■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 HNRNPH1-213ENST00000505811 1155 ntTSL 513.64□□□□□ -0.239e-15■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 HNRNPH1-215ENST00000508103 610 ntTSL 212.36□□□□□ -0.439e-15■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 HNRNPH1-232ENST00000519056 530 ntTSL 411.03□□□□□ -0.649e-15■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 RPL10A-204ENST00000478340 962 ntTSL 216.09■□□□□ 0.171e-10■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RPL10A-205ENST00000490335 632 ntTSL 214.22□□□□□ -0.131e-10■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RPL10A-203ENST00000467020 1069 ntTSL 313.27□□□□□ -0.291e-10■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 SMARCA4-216ENST00000591545 5193 ntTSL 212.68□□□□□ -0.384e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RPL10A-202ENST00000464112 1063 ntTSL 1 (best)11.84□□□□□ -0.511e-10■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RPL10A-201ENST00000322203 716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.721e-10■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 MELTF-AS1-205ENST00000446695 204 ntTSL 310.04□□□□□ -0.87e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ATP6V0B-211ENST00000498664 825 ntTSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.173e-8■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 NUP155-207ENST00000513532 4088 ntTSL 1 (best) BASIC7.19□□□□□ -1.264e-12■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 NUP155-202ENST00000381843 4200 ntTSL 1 (best) BASIC4.93□□□□□ -1.624e-12■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 RBM39-221ENST00000461283 2415 ntTSL 53.19□□□□□ -1.94e-7■■■■■ 32.9
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SF3B4Q15427 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.051e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 APBA2-212ENST00000561069 3138 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.231e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 APBA2-202ENST00000411764 3599 ntTSL 1 (best) BASIC11.99□□□□□ -0.491e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 APBA2-204ENST00000558259 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.27□□□□□ -0.611e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TBL2-206ENST00000433464 1423 ntTSL 224.27■■□□□ 1.481e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-201ENST00000306262 779 ntTSL 523.81■■□□□ 1.42e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.282e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TBL2-204ENST00000426966 1196 ntTSL 322.2■■□□□ 1.141e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.122e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.122e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TBL2-203ENST00000424598 2276 ntTSL 222■■□□□ 1.111e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 NRBP2-207ENST00000531729 1064 ntTSL 1 (best)21.81■■□□□ 1.082e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 PAIP1-204ENST00000504075 501 ntTSL 321.4■■□□□ 1.022e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.972e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.972e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.961e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 LONRF3-204ENST00000439603 1873 ntTSL 1 (best)20.7■□□□□ 0.92e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-228ENST00000638956 2940 ntTSL 520.62■□□□□ 0.892e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.882e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-242ENST00000639608 2457 ntTSL 520.32■□□□□ 0.842e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 BRF1-216ENST00000550208 1040 ntTSL 320.3■□□□□ 0.842e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.832e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.812e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.812e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.772e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 COMMD7-204ENST00000610160 1987 ntTSL 219.82■□□□□ 0.762e-6■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.712e-8■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.652e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 ST3GAL5-221ENST00000638542 2168 ntTSL 519.03■□□□□ 0.642e-7■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TBL2-209ENST00000450285 2209 ntTSL 1 (best)18.94■□□□□ 0.621e-9■■■■■ 32.9
SF3B4Q15427 TSPAN4-219ENST00000530404 818 ntTSL 518.89■□□□□ 0.613e-13■■■■■ 32.9
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