Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 TMEM235-203ENST00000550981 1786 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.53■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 KCNK4-207ENST00000539216 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 NUBP2-201ENST00000262302 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
TCOF1Q13428 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 CXXC5-AS1-201ENST00000514287 577 ntTSL 4 BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 AC148477.3-202ENST00000376617 1766 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 NAA60-235ENST00000576916 1567 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 TESMIN-209ENST00000544963 1235 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
TCOF1Q13428 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
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