Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
HOXD3P31249 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms