Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
TRERF1Q96PN7 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 NAP1L4-212ENST00000526115 1941 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
TRERF1Q96PN7 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms