Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
RPUSD4Q96CM3 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms