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| CHD4 | Q14839 | OTX2-AS1-201 | ENST00000534909 | 2428 nt | TSL 1 (best) BASIC | 6.9 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | ADTRP-201 | ENST00000229583 | 891 nt | TSL 2 BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | FAS-203 | ENST00000355279 | 983 nt | TSL 1 (best) BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | C1orf54-202 | ENST00000369099 | 600 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | BBIP1-203 | ENST00000423273 | 492 nt | TSL 1 (best) BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL162385.2-201 | ENST00000437864 | 285 nt | TSL 3 BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
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| CHD4 | Q14839 | ZNF652-201 | ENST00000362063 | 5988 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
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| CHD4 | Q14839 | AC093155.3-201 | ENST00000370548 | 2013 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | ZEB1-219 | ENST00000560721 | 3368 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
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| CHD4 | Q14839 | AC109635.6-201 | ENST00000525487 | 1113 nt | BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
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| CHD4 | Q14839 | AC103739.1-201 | ENST00000558389 | 474 nt | TSL 3 BASIC | 6.89 | □□□□□ -1.31 | | |
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| CHD4 | Q14839 | ZNF480-204 | ENST00000490272 | 2238 nt | TSL 2 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | NDUFS1-207 | ENST00000455934 | 3361 nt | TSL 2 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | ZNF782-208 | ENST00000535338 | 3296 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | DLG1-216 | ENST00000450955 | 2682 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | TMPRSS11BNL-202 | ENST00000510782 | 3202 nt | TSL 2 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | ITSN1-206 | ENST00000381318 | 17015 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | PCDH11Y-204 | ENST00000400457 | 9039 nt | APPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | DAZ2-204 | ENST00000382431 | 3637 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | C6orf163-202 | ENST00000388923 | 1308 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | KIAA0040-206 | ENST00000619513 | 4340 nt | TSL 2 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | CHD2-208 | ENST00000626874 | 7764 nt | TSL 1 (best) BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | IRF5P1-201 | ENST00000504852 | 2164 nt | BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | PRPF4B-201 | ENST00000337659 | 4415 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | LPA-201 | ENST00000316300 | 6414 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | ZC3H11A-201 | ENST00000332127 | 5015 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | SNORA17.1-201 | ENST00000362945 | 126 nt | BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | CDC123-202 | ENST00000378900 | 933 nt | TSL 5 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | HCG14-201 | ENST00000444986 | 413 nt | TSL 2 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | RN7SL352P-201 | ENST00000466002 | 277 nt | BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | ATXN3-215 | ENST00000532032 | 1191 nt | TSL 1 (best) BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | CREBZF-209 | ENST00000534224 | 545 nt | TSL 4 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | AF107885.2-202 | ENST00000557653 | 448 nt | TSL 5 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC034105.4-201 | ENST00000568304 | 277 nt | BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | LINC02185-202 | ENST00000576797 | 568 nt | TSL 3 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC008738.1-201 | ENST00000590117 | 375 nt | TSL 5 BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | AL161616.1-201 | ENST00000611867 | 286 nt | BASIC | 6.88 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC092958.1-201 | ENST00000467198 | 2569 nt | TSL 2 BASIC | 6.87 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | OR8G5-203 | ENST00000641992 | 1560 nt | APPRIS P1 BASIC | 6.87 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | SLAMF6-203 | ENST00000368059 | 2743 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 6.87 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | AC018809.2-201 | ENST00000602436 | 3823 nt | BASIC | 6.87 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | CSNK1G1-204 | ENST00000606793 | 1658 nt | TSL 5 BASIC | 6.87 | □□□□□ -1.31 | | |
| CHD4 | Q14839 | TLR4-201 | ENST00000355622 | 4844 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 6.87 | □□□□□ -1.31 | | |