Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
CCDC3Q9BQI4 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SLC1A6-202ENST00000430939 1794 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
CCDC3Q9BQI4 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms