Protein–RNA interactions for Protein: Q96PV0

SYNGAP1, Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP, humanhuman

Predictions only

Length 1,343 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNGAP1Q96PV0 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SYNGAP1Q96PV0 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SYNGAP1Q96PV0 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SYNGAP1Q96PV0 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SYNGAP1Q96PV0 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 EMC6-201ENST00000248378 653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 COX7A1-201ENST00000292907 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SYNGAP1Q96PV0 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms