Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
RPUSD4Q96CM3 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms