Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 ZNF852-201ENST00000436261 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 AL139246.2-201ENST00000456687 1297 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 AC087498.1-201ENST00000572493 945 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
TRIM28Q13263 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 FAM207BP-201ENST00000447172 505 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CCM2-202ENST00000381112 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TRIM28Q13263 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms