Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
USP4Q13107 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
USP4Q13107 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
USP4Q13107 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
USP4Q13107 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
USP4Q13107 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
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