Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CTCFP49711 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CTCFP49711 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CTCFP49711 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 KRT8P8-201ENST00000434750 1448 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CTCFP49711 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CTCFP49711 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
CTCFP49711 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms