Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 GLI4-202ENST00000344692 1012 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 LMCD1-AS1-204ENST00000446281 932 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCA1P28370 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 RBFOX1-215ENST00000553186 2196 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 CARD9-201ENST00000371732 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCA1P28370 EFCAB11-202ENST00000538485 1870 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms