Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 Z85996.1-201ENST00000494644 937 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 BPIFB3-201ENST00000375494 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TBX6-201ENST00000279386 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TBX6-205ENST00000627355 1796 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.2 ms