Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 SAE1-201ENST00000270225 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 TARBP2-220ENST00000552857 916 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 KLHDC4-201ENST00000270583 1886 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 AC103746.1-201ENST00000617440 1133 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
TDP1Q9NUW8 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TDP1Q9NUW8 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
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