Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 STK16-201ENST00000396738 1673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 KLHDC4-203ENST00000347925 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 CELF6-205ENST00000567083 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4AQ9BY43 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 AC131212.4-201ENST00000623606 975 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 RTBDN-207ENST00000589272 2076 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 LHX8-202ENST00000356261 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 EPHX1-201ENST00000272167 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4AQ9BY43 CROCCP4-202ENST00000633627 573 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms