Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AC006504.5-207ENST00000586220 487 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 KRTCAP3-201ENST00000288873 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ZCCHC24-201ENST00000372333 906 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL6A1P12109 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC21.77■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL6A1P12109 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms