Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 FUOM-203ENST00000368552 762 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 DNTTIP1-201ENST00000372622 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms