Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ALKBH6-213ENST00000486389 1525 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
USP28Q96RU2 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP28Q96RU2 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 160 ms