Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 ZNF667-AS1-208ENST00000594783 475 ntTSL 3 BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC34.36■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 TMEM230-206ENST00000379283 1660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 CYGB-204ENST00000589342 815 ntTSL 3 BASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC34.33■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.09
CCDC88BA6NC98 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC34.31■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 MTX1-201ENST00000316721 1441 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 HSPA8-202ENST00000453788 2004 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
CCDC88BA6NC98 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms