Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 PGAP1-204ENST00000409475 2443 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 FAM131C-201ENST00000375662 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 AC018521.5-202ENST00000577279 374 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 AC018521.5-201ENST00000582787 496 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 LINC01465-201ENST00000408887 1940 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
LIMA1Q9UHB6 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms