Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
TRIM56Q9BRZ2 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 MAFG-AS1-201ENST00000582106 1895 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
TRIM56Q9BRZ2 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms