Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 PACRGL-207ENST00000502938 810 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 AC010336.4-201ENST00000595655 438 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC3Q9BQI4 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC3Q9BQI4 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms