Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 LENG9-203ENST00000611161 1916 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CDIPT-204ENST00000563415 1047 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CCDC124-203ENST00000597436 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CRYGFP-201ENST00000418459 633 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 PTGER3-209ENST00000460330 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 PPM1D-204ENST00000629650 1525 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TMEM179-206ENST00000616017 1645 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 STOML1-209ENST00000564777 1849 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 FAM86C1-203ENST00000426628 952 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 CYB561-214ENST00000582034 1193 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AP000692.2-201ENST00000608391 879 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
HOXC9P31274 HLX-201ENST00000366903 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 MAP1LC3A-203ENST00000397709 698 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
HOXC9P31274 C1orf52-203ENST00000471115 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms