Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CHMP3Q9Y3E7 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 IMPA2-208ENST00000589238 923 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CHMP3Q9Y3E7 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms