Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 RBM26-207ENST00000622611 5230 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS28Q9UK41 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS28Q9UK41 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms