Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
HOXD4P09016 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.96■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
HOXD4P09016 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms