Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
DDX28Q9NUL7 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
DDX28Q9NUL7 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms