Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 GPR50-AS1-201ENST00000454196 1620 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CHMP4AQ9BY43 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC25.33■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 MOK-228ENST00000523231 1114 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 SMTN-204ENST00000404574 1735 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 CLDN14-202ENST00000399135 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 NCF1B-202ENST00000432102 930 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 KRT18P16-201ENST00000510337 1294 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4AQ9BY43 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms